Τα Ανώγεια πρωτοκατοικήθηκαν πριν το 1182 που δόθηκαν ως φέουδο στην οικογένεια των Φωκάδων - αργότερα Καλλέργηδων, όταν μοιράστηκε η Κρήτη στα 12 αρχοντόπουλα του Βυζαντίου. Τότε πήραν και την ονομασία Βασιλικά Ανώγεια, αφού ανήκαν στους βασιλικούς άρχοντες. Επομένως υπήρχαν και την Β' βυζαντινή περίοδο πριν τη Βενετοκρατία. Αναφέρονται το 1583 με 911 κατοίκους. Το 1881 με 1.973 κατοίκους και το 1900 με 2.363 κατοίκους. Η κωμόπολη των Ανωγείων αποτελείται από τους οικισμούς: Αρμί, Μεσοχωριό ή Μεσοχωριά, Περαχώρι, Μετόχι και Συνοικισμό. Στο δήμο Ανωγείων υπάγεται και το χωριό Σίσαρχα. Το 1981 τα Ανώγεια είχαν 2.449 κατοίκους, το 1991 2.260 και το 2001 2.454 κατοίκους. Κατά την Βενετοκρατία δεν αναφέρονται κέντρο Επαναστατών τα Ανώγεια, όπως άλλα μέρη της Κρήτης. Αντίθετα την Τουρκοκρατία ήταν μεγάλο επαναστατικό κέντρο και τα Ανώγεια ήσαν βακουφικό (μοναστηριακό) χωριό, αφιερωμένο στα τζαμιά της Βαλιδέ Σουλτάνας. Κυριεύτηκαν από τους Τούρκους το 1648, αλλά τους δόθηκαν ειδικά προνόμια. Οι Ανωγειανοί ήταν από τους πρώτους Κρητικούς που μυήθηκαν στη Φιλική Εταιρεία. Πρώτος Ανωγειανός ο Γεώργιος Μανουράς και ακολούθησαν κι άλλοι. Έτσι οι Ανωγειανοί πήραν μέρος από τους πρώτους στην Επανάσταση του 1821. Το Μάϊο του 1822 οι Ανωγειανοί νίκησαν τους Τούρκους στη θέση Σκλαβόκαμπος Μαλεβιζίου, με αρχηγό το Βασίλη Σμπώκο. Για το λόγο αυτό τον Ιούλιο του 1822 ο Σερίφ Πασάς τα βρήκε έρημα τ'Ανώγεια, αφού οι κάτοικοι πολεμούσαν στη Μεσσαρά, και στις 14 Ιουλίου 1822 τα λεηλάτησε και τα πυρπόλησε. Λίγο πριν την επανάσταση του 1866 έγινε στα Ανώγεια η συνέλευση των οπλαρχηγών της Ανατολικής Κρήτης για την εκλογή αντιπροσώπων. Στο ολοκαύτωμα του Αρκαδίου, τρεις Ανωγειανοί βρήκαν το θάνατο, (σήμερα οι Ανωγειανοί πιστεύουν ότι ο Εμμανουήλ Σκουλάς ήταν ο πυρπολητής του Αρκαδίου και όχι ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης όπως είναι στους πιο πολλούς γνωστό), ο Σερίζ πασάς προσπάθησε να τα καταλάβει μ'αποκρούστηκε. Το 1867 ο Ομέρ πασάς τα κατέλαβε και το Νοέμβριο ο Ρεσίζ πασάς τα έκαψε. Στην επανάσταση του 1897 πήραν μέρος και πάλι οι Ανωγειανοί, όπως και στους υπόλοιπους αγώνες. Η μεγάλη όμως δράση των κατοίκων έγινε κατά τη Μάχη της Κρήτης και την Εθνική Αντίσταση, αφού ιδρύθηκε το 1941 η Επιτροπή Απελευθερωτικής Δράσης. Τα Ανώγεια ήταν ο πυρήνας της Αντίστασης στην Κρήτη και οι απαγωγείς οδήγησαν το στρατηγό Κράιπε στα Ανώγεια,για να τον φυγαδεύσουν στην Αφρική. Για τους παραπάνω λόγους ο διοικητής του φρουρίου Κρήτης Χ.Μίλλερ με διαταγή του στις 13 Αυγούστου 1944, διέταξε την ισοπέδωση των Ανωγείων και την εκτέλεση κάθε άρρενος Ανωγειανού που θα βρεθεί σε απόσταση 1 χλμ. Στις 13 Αυγούστου 1944 τρία τάγματα Γερμανών κύκλωσαν τα Ανώγεια και έβαλαν φρουρές στα γύρω υψώματα. Έπιασαν 80 γέρους και τους έστειλαν στο Ηράκλειο, ενώ εκτέλεσαν 9 άνδρες. Με δυναμίτες ανατίναξαν τα σπίτια, έβαλαν φωτιά και 800 περίπου σπίτια έγιναν χαλάσματα, ενώ κάηκαν και 6 γυναίκες. Οι άνδρες έφυγαν στον Ψηλορείτη για να σωθούν. Στον αγώνα κατά των Γερμανών από το 1941 - 1944 έχασαν τη ζωή τους συνολικά 104 Ανωγειανοί. Η πολιτεία τίμησε τα Ανώγεια με την απονομή του πολεμικού Σταυρού Α'τάξεως το 1946, για τις καταστροφές που έπαθαν, αλλά και για τον ηρωισμό τους και με την αιτιολογία αυτή αναγνώρισε την κοινότητα σε Δήμο Ανωγείων το 1947 (ΤΙΜΗΣ ΕΝΕΚΕΝ). Κοντά στα Ανώγεια είναι το Ιδαίο Άνδρο όπου σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία γεννήθηκε ο Δίας και το σπήλαιο Σεντόνη καθώς και το οροπέδιο της Νίδας.